Tomakomai est un important nœud ferroviaire de JR Hokkaido sur la côte sud de Hokkaido, situé entre Sapporo, l’aéroport de New Chitose, Muroran et Hakodate. La ville compte une principale gare voyageurs, la gare de Tomakomai, ainsi que de plus petites haltes locales sur la ligne principale Muroran, la ligne Chitose et la ligne principale Hidaka. Son rôle ferroviaire est régional plutôt que grande vitesse, avec des trains Limited Express et des trains locaux reliant la ville portuaire au centre et au sud de Hokkaido.
Les trains au départ de Tomakomai comprennent des services JR Hokkaido Limited Express Hokuto sur le corridor Sapporo-Hakodate, des services Suzuran Limited Express sur le corridor Sapporo-Muroran, des trains locaux vers Sapporo et Muroran, ainsi que des services locaux de la ligne principale Hidaka vers Mukawa. L’accès ferroviaire à l’aéroport s’effectue par correspondance à Minami-Chitose, où les voyageurs prennent une correspondance vers l’aéroport de New Chitose.
Les itinéraires ferroviaires depuis Tomakomai partent vers le nord-ouest en direction de Sapporo et des correspondances pour Otaru, vers le nord-est en direction de l’aéroport de New Chitose et de Chitose, vers le sud-ouest en direction de Noboribetsu, Higashi-Muroran et Hakodate, et vers le sud-est le long de la côte d’Hidaka en direction de Mukawa. Réservez en ligne des trains depuis et vers Tomakomai sur Rail Monsters.