Tokio jest głównym węzłem podróży kolejowych w Japonii, łączącym kluczowe destynacje w całym kraju. Trasa z Tokio do Osaki, obejmująca około 515 kilometrów, jest jedną z najruchliwszych i zajmuje około 2,5 godziny pociągiem Shinkansen. Inną popularną podróżą jest trasa Tokio-Kyoto, która rozciąga się na około 450 kilometrów i zajmuje około 2 godziny i 15 minut. Linia Tokio-Nagoya obejmuje około 350 kilometrów, z czasem przejazdu wynoszącym około 1 godziny i 40 minut. Podróż do Sendai, oddalonego o około 350 kilometrów, zajmuje około 1 godziny i 30 minut, podczas gdy trasa do Hiroszimy, pokrywająca prawie 800 kilometrów, trwa około 4 godziny. Dla podróżnych międzynarodowych, Narita Express oferuje bezpośredni dostęp do lotniska Narita, z czasem przejazdu wynoszącym około 1 godziny z Tokio.