Honjo liegt im Norden der Präfektur Saitama an den Bahnstrecken von JR East, die die Region Tokio mit Takasaki und der Präfektur Niigata verbinden. Die Stadt hat zwei wichtige Personenbahnhöfe: den Bahnhof Honjo an der konventionellen Takasaki-Linie und den Bahnhof Honjo-Waseda am Joetsu Shinkansen. Dadurch bietet Honjo sowohl regionale Verbindungen innerhalb von Saitama und Gunma als auch Hochgeschwindigkeitszugang auf der Achse Tokio - Niigata.
Zu den Zügen von Honjo gehören JR-East-Verbindungen der Takasaki-Linie ab dem Bahnhof Honjo sowie Joetsu-Shinkansen-Züge mit Halt am Bahnhof Honjo-Waseda. Die konventionelle Linie wird für lokale und schnelle Verbindungen in Richtung Tokio und Takasaki genutzt, während der Shinkansen-Bahnhof reservierungspflichtige Fernverbindungen auf ausgewählten Toki- und Tanigawa-Zügen abwickelt. Honjo hat keine direkte Bahnverbindung zum Flughafen, daher sind Fahrten zu den Flughäfen mit Umstieg an größeren Bahnhöfen im Raum Tokio verbunden.
Bahnverbindungen von Honjo führen südöstlich in Richtung Omiya, Ueno, Tokio und zu Verbindungen in die Gegend von Yokohama, nordwestlich in Richtung Takasaki und zu Umstiegen im Raum Maebashi sowie nördlich auf dem Shinkansen-Korridor in Richtung Echigo-Yuzawa und Niigata. Buchen Sie Züge von und nach Honjo online bei Rail Monsters.