Tokio dient als wichtiges Zentrum für den Schienenverkehr in Japan und verbindet wichtige Reiseziele im ganzen Land. Die Strecke Tokio nach Osaka, die etwa 515 Kilometer umfasst, ist eine der verkehrsreichsten und dauert mit dem Shinkansen-Hochgeschwindigkeitszug etwa 2,5 Stunden. Eine weitere beliebte Strecke ist Tokio nach Kyoto, die etwa 450 Kilometer umfasst und ungefähr 2 Stunden und 15 Minuten in Anspruch nimmt. Die Verbindung Tokio nach Nagoya beträgt etwa 350 Kilometer bei einer Reisezeit von etwa 1 Stunde und 40 Minuten. Die Verbindung nach Sendai, das etwa 350 Kilometer entfernt liegt, dauert etwa 1 Stunde und 30 Minuten, während die Strecke nach Hiroshima, die fast 800 Kilometer umfasst, etwa 4 Stunden benötigt. Für internationale Reisende bietet der Narita Express direkten Zugang zum Flughafen Narita, mit einer Fahrzeit von etwa 1 Stunde von Tokio.