Nawigacja na Stacji Tsubamesanjo jest prosta, dzięki czytelnym oznaczeniom zarówno w języku japońskim, jak i angielskim. Stacja posiada perony zarówno dla Joetsu Shinkansen, jak i lokalnych linii kolejowych, co sprawia, że jest wygodnym węzłem komunikacyjnym dla podróżnych. Broszury informacyjne i mapy są dostępne na informacji dworcowej, zapewniając, że odwiedzający łatwo odnajdą drogę do peronów, wyjść i niezbędnych usług.